离婚后户口分开是可以的。《民政部关于贯彻执行〈婚姻登记条例〉若干问题的意见》:
三、关于户口簿问题
当事人无法出具居民户口簿的,婚姻登记机关可凭公安部门或有关户籍管理机构出具的加盖印章的户籍证明办理婚姻登记;当事人属于集体户口的,婚姻登记机关可凭集体户口簿内本人的户口卡片或加盖单位印章的记载其户籍情况的户口簿复印件办理婚姻登记。
四、关于离婚后孩子户口
如果是协议离婚,要到户籍所在地的派出所户籍管理处,先告知户籍民警要进行离婚后小孩户口分户、并提供夫妻二人的户口本、身份证、小孩的户口本。